A organização da Ordem, no plano técnico e científico da atividade de engenharia, opera-se pela constituição de Colégios de Especialidade, agrupando os engenheiros de cada Especialidade.

Os Colégios, estruturados na Ordem e que integram o Regulamento n.º 64/2025, são os seguintes:
- Engenharia Civil;
- Engenharia Eletrotécnica;
- Engenharia Mecânica;
- Engenharia Geológica e de Minas;
- Engenharia Química e Biológica;
- Engenharia Naval e Oceânica;
- Engenharia Geoespacial;
- Engenharia Agronómica;
- Engenharia Florestal;
- Engenharia de Materiais;
- Engenharia Informática;
- Engenharia do Ambiente;
- Engenharia e Gestão Industrial;
- Engenharia Alimentar;
- Engenharia Aeronáutica e Espacial;
- Engenharia Biomédica e Bioengenharia;
- Engenharia de Segurança e Qualidade.